早期凋亡检测的新工具

　　美国IMGENEX公司近日推出了一款全新的可逆凋亡探针pSIVA，用于磷脂酰丝氨酸（PS）外翻的检测。 

　　细胞膜的重排发生在凋亡的早期。在许多凋亡细胞中，这种重排导致磷脂酰丝氨酸（PS）从细胞膜的内侧翻转到细胞膜的表面，暴露在细胞外环境中。这一事件目前主要通过Annexin V来检测。Annexin V是一种Ca 2+依赖的磷脂结合蛋白，在Ca 2+存在的情况下，与PS有很高的亲和力，可与凋亡细胞膜上外翻的PS相结合。荧光（如GFP、FITC）标记的Annexin V一旦与凋亡细胞结合，就可以通过荧光显微镜观察到。 

　　IMGENEX开发的pSIVA（Annexin XII）也是一种基于Annexin的极性探针，可用于凋亡或其他形式细胞死亡的时空或激酶分析。pSIVA结合是可逆的，这样研究人员就能够检测到瞬时的PS外翻，这与正常的生理过程以及可逆的凋亡事件相关联。

　　pSIVA与一种灵敏的极性染料IANBD结合，只有当pSIVA与细胞膜结合时，才发出荧光。与不可逆的Annexin V结合相比，这种膜结合依赖的荧光以及可逆结合性质是技术上的一大进步，为凋亡通路和细胞存活带来了更多信息。

　　pSIVA-IANBD荧光信号的短暂出现伴随着瞬时的PS外翻。当PS回到细胞膜内侧，pSIVA-IANBD将被释放到培养基中，荧光消失。至于瞬时的PS外翻，这被认为是正常的事件，不过仍有待进一步的研究。

　　pSIVA探针可应用于毒理学检测、凋亡通路的高通量筛选、共聚焦显微镜、流式细胞仪以及凋亡的活体成像研究。

　　IMGENEX公司致力于开发和生产人体生理和疾病状态的研究试剂、人类疾病的诊断试剂和治疗试剂。这些新的试剂包括抗体、基因、蛋白表达系统、用于人类功能基因组研究的各种细胞和组织的阵列。涉及领域包括癌症、凋亡、信号途径、细胞衰老、代谢和感染等疾病。

　　英研究发现控制人体血红蛋白含量的基因

　　新华网伦敦１０月１１日电（记者黄堃）英国研究人员说，他们发现了一种控制人体血红蛋白含量的基因，这将有助于研制治疗贫血症等病症的药物。 

　　英国帝国理工学院研究人员１１日在《自然遗传学》杂志上报告说，他们对１．６万人的基因图谱和血红蛋白含量进行了分析。结果显示，基因ＴＭＰＲＳＳ６控制着人体内的血红蛋白含量。研究对象中既有欧洲人也有亚洲人，说明这一基因的作用在全球人群中广泛存在。 

　　血红蛋白是高等生物体内负责运送氧的一种蛋白质，如果体内血红蛋白含量过低，就会出现贫血等症状。但如果血红蛋白含量太高，也会增加中风等疾病的风险。 

　　研究人员说，如果能研发出增强基因ＴＭＰＲＳＳ６活动性的药物，就可以提高人体内的血红蛋白含量，帮助治疗贫血症等。同样，如果能用药物抑制该基因的作用，也可以根据需要降低血红蛋白的含量。

RNA直接测序指日可待

　　Helicos BioSciences（第三代测序仪制造商）的研究人员近日发表了一篇原理验证（proof-of-principle）研究，说明利用其单分子测序技术来进行RNA直接测序的可行性，文章发表在9月23日的《Nature》在线版上。

　　该研究小组利用一台Helicos样机，直接对酿酒酵母的RNA进行测序，而没有将其转变成cDNA。在这个过程中，他们还发现了许多酿酒酵母转录本3’端的异质性，同时有证据表明酵母中至少有一些核仁RNA和核糖体RNA是聚腺苷酸化的。

　　随着RNA的重要性逐渐被人所认识，研究人员也开发出多种方法来研究它。但是，许多方法仍需将RNA反转录成cDNA，而这一步会引入错误，且效率不高。研究人员写道：“人们急需一种方法，而这种方法不会有反转录、扩增、连接以及其他cDNA合成步骤的相关困难，而是能利用极少量的总RNA来综合、无偏见地浏览转录组。” 

　　为了让“边合成边测序”的反应适应直接的RNA测序，Milos（Helicos的首席科学家）及她的同事优化了一切，从使用的聚合酶到缓冲液再到专利的荧光核苷酸类似物。总的来说，这种方法在poly(dT)包被的表面捕获聚腺苷酸化的RNA，并利用大肠杆菌poly(A)聚合酶I来进行边合成边测序的步骤。

　　该小组首先对一段40个碱基的RNA序列进行测序，来检验这种方法。大约一半（48.5%）的读长是20个核苷酸或更长。最长的无误差读数是38个碱基。

　　随后她们将注意力转向酿酒酵母这种模式生物。因为酿酒酵母的大部分RNA本身就存在聚腺苷酸化，所以她们不需要在测序前再加上poly-A尾巴。

　　在这个实验中，研究小组产生了41261个读数，每个约为20个核苷酸或更长。近一半（48.4%）的读数与酵母基因组配对。90%以上的配对读数是位于已知的酵母开放读码框3’端的400个核苷酸内。
实验过程中，研究人员意外地检测到酵母RNA 3’端的异质性。她们还发现证据，暗示至少有一些酵母核糖体RNA和小核仁RNA（snoRNA）是聚腺苷酸化的。

　　研究人员称这种RNA直接测序方法目前的错误率约为4%，大部分是黑暗碱基（dark base）引起的缺失。插入的错误率为1-2%，而替换的概率只有0.1-0.3%。

　　Milos介绍说，她们还在进行相似的研究，为哺乳动物细胞的直接RNA测序开发方法。她补充道，尽管实验是在Helicos样机上完成的，但该公司正在开发Heliscope的直接RNA测序步骤。该步骤有望在明年推出。

　　上个月，Helicos的创始人之一Stephen Quake在两名研究人员的协助下，利用一台Heliscope测序仪和4次数据收集运行，对他本人的基因组进行了测序。