甲基化特异性PCR(MSP)
甲基化是在DNA甲基转移酶(DNA Methyltransferase, DNMT)催化作用下,利用S-腺苷甲硫氨酸(S-adenosylmethionine,SAM)提供甲基,在CpG二核苷酸中胞嘧啶嘧啶环的五号碳原子上加上甲基的共价修饰过程。
DNA甲基化是表观遗传修饰的主要方式,它不改变DNA的一级结构,却在细胞的发育、基因的表达、及基因组的稳定性中起着重要的作用。CpG岛的高甲基化是肿瘤中存在的普遍现象,而启动子CpG岛的高甲基化是除突变和缺失外肿瘤中抑癌基因失活的第三种机制。
因此,基因启动子甲基化检测在临床诊断(如甲基化检测与低剂量CT相结合)、药物敏感性检测等方面具有很高的应用价值。
目前甲基化特异性PCR(Methylmion Specific PCR,MSP)及其改进方法是检测基因甲基化的经典方法.MSP法的原理是首先用亚硫酸氢钠修饰处理基因组DNA,所有未发生甲基化的胞嘧啶都被转化为尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶则不变。然后设计针对甲基化和非甲基化序列的引物并进行聚合酶链反应(PCR)扩增,最后通过琼脂糖凝胶电泳分析,确定与引物互补的DNA序列的甲基化状态。MSP法灵敏度较高,应用范围广。
MSP实验流程:
难点:
1、实验流程长,操作烦琐,不易控制;
2、起始DNA量不能太多,否则修饰不完全;但量太少,在漫长的修饰、回收过程中容易丢失,所以要求熟练而精细的实验操作。
3、修饰过程中的pH值要绝对准确、所有试剂要求新鲜配置,并且需要反复摸索找出合适的反映时间。
4、PCR引物设计、退火温度选择、Taq酶及Buffer的选择都需要不断优化。
总之,在MSP过程中,影响结果的因素比较多,想要得比较好的实验结果,不仅要求高质量的实验试剂,更要求丰富的实验经验和良好的实验习惯。
尚柏生物凭借多年分子生物学实践经验和稳定的技术平台,还有数百例MSP的成功经验,已经建立了甲基化检测的技术体系,并且在临床应用方面与多家医院建立了稳定的合作关系!
使用仪器:美国应用生物系统公司(ABI)VeritiTM梯度PCR仪